В 1976 г. Джон Малкович присоединился к чикагской театральной труппе Steppenwolf и семь лет спустя дебютировал на нью-йоркской сцене в спектакле «Настоящий Запад», принесшем ему премию Obie. В 1984 г. сыграл с Дастином Хоффманом в бродвейской постановке «Смерть коммивояжера». Через год спектакль был переделан в телефильм и принес Малковичу «Эмми».

На большом экране Малкович дебютировал в роли слепого квартиранта в картине «Место в сердце» (1984) и был номинирован на Оскар как лучший актер второго плана. Его последующие кинопроекты - «Убийственные поля» (1984) и «Стеклянный зверинец» (1987). После роли Виконта де Вальмона в костюмированной драме «Опасные связи» (1988), он сыграл неуравновешенного террориста в фильме Клинта Иствуда «На линии огня» (1993), за которую был номинирован на Оскар и Золотой Глобус.

Будучи талантливым и многогранным актером, Малкович появлялся в различных амплуа в таких фильмах, как «Скала Малхолланд» (1996), «Человек в железной маске» (1998), «Быть Джоном Малковичем» (1999), «Тень вампира» (2000), «Отель» (2001), «Игра Рипли», «Танцующая наверху», “Hideous Man” (2002), «Агент Джонни Инглиш» (2003), «Распутник» (2004) и «Автостопом по Галактике» (2005).

Недавно он снялся в телефильмах «Дух тьмы» (1994), «Проект 281» (1999), «Отверженные» (2000) и «Наполеон» (2002).

Вдобавок к своей актерской карьере он написал сценарий и выступил в качестве режиссера фильма «Ужасный человек» (2002), режиссера и продюсера фильма «Танцующая наверху» (2002), а также спродюсировал «Мир призраков» (2000), «Одиночка» (2001), “Убей беднягу” (2003), “Найти улицу” (2004) и «Распутник» (2004). Малкович спродюсировал телефильм “Требуется сборка” (2004).